Lancer un projet R avec le datalab

Une courte démonstration pour utiliser R avec le datalab SSP Cloud: travailler avec du code Git et des données hébergées sur Mes Fichiers du datalab.
Configuration de l'environnement
Ouvrir le catalogue de service​
Lancer et ouvrir un service RStudio
Se connecter avec les identifiants suivants:
user: rstudio
password: Votre mot de passe pour vos services
Vous pouvez le trouver sur votre compte ou le copier depuis directement Mes services en cliquant sur la clef
Dans votre RStudio, clonez et ouvrez ce projet:
1
git2r::clone("https://github.com/RLesur/sspcloud-demo.git", "sspcloud-demo")
2
rstudioapi::openProject("sspcloud-demo")
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Installer les dépendances déclarées dans le fichier DESCRIPTION
Utilisation du système de stockage
Cheatsheet (Antisèche)
Trouver le nom de son bucket personnel
Chaque utilisateur du SSP Cloud dispose d'un espace de stockage personnel sur le système de stockage du SSP Cloud. Ces espaces de stockage s'appellent des buckets.
Pour trouver le nom de son espace personnel de stockage, on peut se rendre sur la page mes fichiers. On trouve alors le nom de son bucket personnel.
Télécharger un fichier
1
aws.s3::save_object(object, bucket, region = "")
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Importer un fichier
1
aws.s3::put_object(file, object, bucket, region = "")
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Exemple #1 : Importer un rapport R Markdown
Le fichier s3.Rmd présente les commandes de base pour gérer ses fichiers cloud
générer le rapport
1
# Modifier le bucket ci-dessous (renseignez votre bucket)
2
bucket <- "f7sggu"
3
​
4
rmarkdown::render("s3.Rmd", params = list(bucket = bucket), output_dir = "out")
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Importer le rapport
1
source("_upload.R")
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Exemple #2 : Travailler avec des données stockées sur MinIO
Un exemple minimal est présent dans le fichier datasaurus.R :
les données du datasaurus sont publiquement disponibles à cette adresse https://minio.lab.sspcloud.fr/f7sggu/sspcloud-demo/data/datasaurus.csv​
on construit un graphique ggplot qu'on sauvegarde en png et qu'on uploade sur MinIO
Pour exécuter ce pipeline :
1
source("datasaurus.R")
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Utilisation du système de stockage

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Exemple #1 : Importer un rapport R Markdown

Exemple #2 : Travailler avec des données stockées sur MinIO